Pada tahun 2003, Arafura and Timor Seas Expert Forum (ATSEF) membuka ruang bagi para peneliti dan pembuat kebijakan dari Australia, Indonesia, Papua Nugini, dan Timor-Leste untuk bertukar pengetahuan mengenai kondisi dan isu-isu di kawasan Laut Arafura dan Timor. Mereka menyampaikan kekhawatiran mengenai penurunan stok ikan, pencemaran laut, dan praktik penangkapan ikan ilegal. Diskusi-diskusi ini membangun pemahaman bersama atas tantangan di kawasan tersebut dan menjadi landasan bagi aksi kolaboratif di tingkat regional. Dalam tahun-tahun berikutnya, ATSEF berkembang menjadi wadah untuk kolaborasi berkelanjutan dan pembelajaran bersama.

• ATSEF 1 (2003) memetakan prioritas regional dan mendorong kerja sama di antara negara-negara peserta.
• ATSEF 2 (2005) memperluas partisipasi para ilmuwan, pembuat kebijakan, dan komunitas, serta mendorong riset bersama, berbagi data, dan penerapan pengelolaan berbasis ekosistem.
• ATSEF 3 (2006) mengonsolidasikan upaya-upaya tersebut ke dalam rekomendasi kebijakan dan kerangka kerja untuk kerja sama regional, yang kemudian menginspirasi pengembangan inisiatif Arafura and Timor Seas Ecosystem Action (ATSEA).

Dengan dukungan dari Global Environment Facility (GEF) dan United Nations Development Programme (UNDP), ATSEA Program memasuki fase pertamanya pada tahun 2009 (ATSEA-1). Pada fase ini, ATSEA menghasilkan Transboundary Diagnostic Analysis (TDA) pertama untuk wilayah ATS pada tahun 2011. TDA pertama ini mengidentifikasi berbagai ancaman lingkungan utama di wilayah tersebut.

Fase ATSEA-1 diakhiri dengan penandatanganan Deklarasi Tingkat Menteri oleh perwakilan Australia, Indonesia, dan Timor-Leste. Deklarasi ini mengukuhkan dukungan terhadap Strategic Action Programme (SAP) pertama untuk wilayah ATS, beserta Rencana Aksi Nasional (National Action Plan/NAP) di masing-masing negara. Ketiga negara juga menyepakati pembentukan mekanisme tata kelola di tingkat regional (Regional Governance Mechanism/RGM) yang melibatkan pemangku kepentingan lintas sektor untuk memastikan implementasinya berjalan secara terkoordinasi dan inklusif.

Kesepakatan ini menjadi landasan untuk perencanaan bersama dan pengembangan kerangka kolaborasi multipihak dalam pengelolaan berkelanjutan sumber daya laut yang dimanfaatkan bersama di wilayah ATS. Pada fase pertama ini, Papua Nugini berpartisipasi sebagai negara pengamat.

Temuan ilmiah dalam fase ini turut mendorong lahirnya kebijakan nasional, antara lain: 

• National Biodiversity Strategy and Action Plan Timor-Leste tahun 2011 

• Rencana Pengelolaan Perikanan berbasis ekosistem pertama di Indonesia untuk Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia (WPPNRI) 718 pada tahun 2013, yang mencakup Laut Aru, Laut Arafura, dan Laut Timor bagian timur

Langkah-langkah ini menjadi titik balik dalam cara negara-negara di wilayah ATS memanfaatkan data bersama untuk mengembangkan perangkat pengelolaan yang praktis dan berbasis bukti.

Fase kedua ATSEA dimulai pada tahun 2019 (ATSEA-2) dengan bergabungnya Papua Nugini sebagai mitra, sehingga memperkuat kepemilikan dan keterlibatan negara-negara di wilayah ATS. ATSEA-2 mendukung implementasi SAP pertama dan Rencana Aksi Nasional di Indonesia dan Timor-Leste, serta penyusunan mekanisme tata kelola regional sebagai landasan bersama untuk koordinasi dan pengambilan keputusan kolektif.

Selama fase kedua ini, ATSEA juga memperbarui Transboundary Diagnostic Analysis (TDA) guna mencerminkan tantangan baru di wilayah ATS. Sebagai tindak lanjut, negara-negara ATS juga menyusun dan mengesahkan Strategic Action Programme (SAP) 2024–2033 sebagai panduan aksi bersama yang baru, serta Rencana Aksi Nasional terbaru untuk Indonesia, Timor-Leste, dan Papua Nugini.

SAP 10 tahun ini menjadi dasar bagi negara-negara untuk mengesahkan RGM sekaligus menyepakati usulan transisi dari pengaturan proyek ATSEA-2 menuju mekanisme kolaborasi regional jangka panjang untuk pembangunan berkelanjutan wilayah ATS.

Pada 2024, ATSEA terpilih sebagai salah satu dari 30 inisiatif paling efektif dalam portofolio International Waters dari Global Environment Facility (GEF). Capaian ini ditampilkan dalam peta interaktif global yang diluncurkan pada International Waters Conference ke-10.

Pada tahun 2024, para menteri dari negara-negara ATS menandatangani Deklarasi Sydney yang meresmikan komitmen bersama untuk mengimplementasikan SAP terbaru dan melembagakan mekanisme tata kelola regional sebagai mekanisme koordinasi tingkat regional secara permanen. Penandatanganan ini menandai peralihan dari kerja sama berbasis proyek menuju struktur jangka panjang yang didukung mandat nasional masing-masing negara.

Kini, ATSEA menjadi wadah kerja sama untuk mendorong kepemimpinan regional, aksi bersama, dan pengelolaan laut yang berkelanjutan di wilayah Laut Arafura dan Laut Timor.

Lihat Deklarasi Sydney