ATSEA-2 bertujuan untuk mencapai beragam sasaran dan tujuan di wilayah Laut Arafura dan Laut Timor (Arafura and Timor Seas, ATS), berorientasi pada konservasi keanekaragaman hayati ekosistem serta pengelolaan sumber daya yang terpadu dan berkelanjutan. Tujuan-tujuan ini dapat dibagi beradasarkan cakupan lingkungan dan pemerintahnya:
TUJUAN LINGKUNGAN:
TUJUAN TATA KELOLA:
Untuk mencapai konservasi dan pengelolaan berkelanjutan ekosistem laut/pesisir di wilayah ATS, Program ATSEA-2 dibagi menjadi tiga komponen utama:
KOMPONEN 1:
Tata Kelola Regional, Nasional dan Lokal untuk Pengelolaan Ekosistem Laut Besar (ELB)
KOMPONEN 2:
Meningkatkan Daya Dukung ELB untuk Mempertahankan Ketersediaan, Pengaturan, dan Dukungan terhadap Jasa Ekosistem.
KOMPONEN 3:
Manajemen Pengetahuan
Melalui kombinasi ketiga kriteria tersebut, ATSEA-2 bertujuan untuk mencapai tujuannya di ATS sambil berbagi praktik terbaik dan memperluas inisiatif ini pada level lokal, nasional dan regional.