Di Tmor Leste, ATSEA-2 berlokasi di beberapa kota dimana serangkaian proyek akan diadakan. Kegiatan-kegiatan ini akan mencakup penguatan kawasan konservasi perairan yang sudah ada, merancang kawasan konservasi perairan baru, dan mendorong mata pencaharian alternatif untuk masyarakat yang tinggal dan bekerja di lokasi-lokasi tersebut. Beragam rencana Pengelolaan Pesisir Terpadu (PPT) akan dikembangkan dan dilaksanakan, berfokus pada mata pencaharian alternatif dan peningkatan kapasitas.
Kota Viqueque
ATSEA-2 akan menggunakan Pengelolaan Perikanan Berbasis Ekosistem atau Ecosystem Approach to Fisheries Management (EAFM) di kota Viqueque, untuk meningkatkan dan melindungi perikanan kakap merah.
Kota Manatuto & Manufahi
Program ATSEA-2 akan merancang dan mendukung pembentukan kawasan konservasi perairan Betano hingga Claluc.
Barique Posto Administrativo & Kotamadya Manatuto
Beberapa rencana Pengelolaan Pesisir Terpadu (PPT) akan dikembangkan, dilaksanakan dan diperluas, mengedepankan adaptasi perubahan iklm. Pengembangan mata pencaharaian alternatif dan peningkatan kapasitas masyarakat lokal juga akan didukung.
Kota Covalima
Dalam upaya mengatasi dampak polusi di wilayah ATS, Program akan menyediakan pelatihan dan memfasilitasi pertukaran pengetahuan terkait respon dan kesiapan terhadap tumpahan minyak.
Kota Lautem
Di Kota Lautem, Timor Leste, Program ATSEA-2 akan fokus kepada penguatan pengelolaan kawasan konservasi perairan Nino Konis Santana, mendukung wilayah laut yang dikelola secara lokal di perairan sekitarnya, dan mendorong mata pencaharian alternatif untuk penduduk lokal.
